2005m. spalio mėn. nepriklausoma Bureau Veritas sertifikacijos įstaiga UAB „Agaras“ skerdykloje atliko sertifikacinį auditą pagal tarptautinius kokybės standartus ISO 9001:2000 ir ISO 14001:2004 ir spalio mėnesio 28d. išdavė sertifikatus liudijančius, kad UAB „Agaras“ skerdykla atitinka šių standartų reikalavimus.
Vienas iš svarbiausių veiksnių, padedančių didinti prekių, paslaugų konkurencingumą, yra kokybė, jos stabilumas. Norėdama užtikrinti tinkamą prekių bei paslaugų kokybę, įmonė įdiegė standartus, reglamentuojančius kokybės vadybą ir kokybės užtikrinimą. Labai dažnai kokybės sertifikatas tampa vienu iš pagrindinių privalumų tiekiant produktus į ES ar kitas Vakarų šalis.
Aplinkos apsaugos klausimai šiuo metu įgauna vis didesnę reikšmę. UAB „Agaras“ įdiegė ISO 14001:2004 norėdama gerinti aplinkos apsaugos vadybos sistemą, taip pat parodyti, kad įmonė laikosi aplinkos apsaugos politikos.